SMPIT Ihsanul Fikri Kota Magelang berdiri pada tahun 2011 sebagai kelanjutan dari SDIT Ihsanul Fikri yang sudah berdiri jauh sebelum tahun tersebut. Salah satu tujuan berdirinya SMPIT Ihsanul Fikri Kota Magelang adalah mewujudkan sekolah yang adaptif terhadap perubahan dan tuntutan jaman dalam mengembangkan pengetahuan, keterampilan, kemandirian dan kecakapan hidup, serta mewujudkan sekolah yang mengembangkan nilai-nilai akhlak mulia yang islami berdasarkan iman dan taqwa kepada Allah Swt.
Pada awal berdirinya SMPIT Ihsanul Fikri Kota Magelang menerapkan sistem fullday school dimana para siswanya berada di lingkungan sekolah dari pukul 07.00 pagi sampai dengan pukul 16.00. pada saat itu SMPIT Ihsanul Fikri Kota Magelang memiliki dua rombongan belajar dengan sistem satuan terpisah sejumlah 43 siswa. Setelah 8 tahun berdiri atau tepatnya pada tahun pelajaran 2018/2019, SMPIT Ihsanul Fikri Kota Magelang mengubah sistem pendidikannya dari fullday school menjadi Boarding School (sekolah berasrama). Saat ini sekolah sudah meluluskan 6 kali lulusan dengan peringkat Ujian Nasional yaitu 9 sampai dengan 11 dari 23 sekolah di Kota Magelang. Jumlah rombongan belajar yang dimiliki sekolah sebanyak 9 dengan total siswa sebanyak 210.